《核桃先生的咖啡馆》讲述的是一个女孩突然被咖啡馆里的服务生扔进了垃圾桶里,沿着垃圾桶隧道,女孩掉进了一个陌生的小镇。设计这个小镇的是咖啡馆老板核桃先生,因为曾经失去过自己深爱的人,核桃先生决定建造一个小镇,把同样受过爱情伤害的人都放进小镇里,并且通过有魔力的咖啡杯,帮助他们实现自己的爱情愿望。
由于女孩与自己死去的妻子很像,所以核桃先生挑选了这个女孩,并且起名为“贡丸小姐”。贡丸小姐经历了邻居们稀奇古怪的爱情故事,同时也发现了核桃先生挑选自己的真正目的,贡丸小姐决定离开这座小镇,打算回到真实的世界,开始新的生活,但是却发现自己已经逃不出去了。
这个故事是从一个下雨天开始的。这是一个非常让人厌烦的下雨天, 整整下了一个上午, 连中午的没有休息, 知道下午三点钟的样子, 雨才慢慢变小, 地面已经变成了泥泞一片……